Il piccolo Yaiba Kurogane vive nel cuore della foresta col padre Kenjuro fin da quando è nato. Non sa molte cose della vita, ma sa parlare agli animali e passa il tempo a esercitarsi per diventare un bravo samurai. Il fatto è che non sa di vivere nel Ventesimo Secolo, e così resta molto stupito quando viene catturato da una trappola per animali e portato in città! Qui incontra molti nuovi amici, che lo aiuteranno ad adattarsi alla vita odierna con situazioni divertenti e imbarazzanti, ma soprattutto dove Yaiba scoprirà di essere la reincarnazione del Dio del Tuono, e che tutto ciò gli sta accadendo per una ragione ben precisa! Quale sarà la sua missione?!

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